پس از تشکیل گروه توحید و جهاد به سرکردگی ابومصعب الزرقاوی در سال 2004 و بیعت او با اسامه بن لادن سرکرده سابق القاعده، این گروه به شاخه سازمان القاعده در عراق تبدیل شد.

این گروه با گسترش عملیات خود، به یکی از قدرتمندترین گروه های تروریستی در عراق تبدیل شد، تا این که الزرقاوی سال 2006 در اظهاراتی ضبط شده به صورت مصور از تشکیل شورای مجاهدین به سرکردگی عبدالله رشید البغدادی خبر داد.

پس از هلاکت زرقاوی در سال 2006 ، ابوحمزه المهاجر به عنوان سرکرده این گروه تعیین شد. در پایان آن سال نیز گروه دولت اسلامی عراق به ریاست ابوعمر البغدادی تشکیل شد. در نوزدهم آوریل 2010 نیروهای مشترک عراقی و آمریکایی در عملیاتی در منطقه الثرثار منزلی را که ابوعمر البغدادی و ابوحمزه المهاجر در آن پناه گرفته بودند، هدف قرار دادند. با شدت گرفتن تبادل آتش، جنگنده ها آن منزل را بمباران کردند که در نتیجه این دو تروریست از پـــــــــای در آمدند و اجـساد آنها در معرض دید عموم گذاشته شد.

یک هفته بعد، این گروه در بیانیه ای در اینترنت به هلاکت این دو تروریست اذعان کرد و پس از حدود ده روز ابوبکر البغدادی به عنوان جانشین و سرکرده جدید تعیین شد. الناصر لدین الله سلیمان نیز به عنوان وزیر جنگ معرفی شد.

عناصر داعش در مناطق محدودی از برخی استان های عراق بویژه استان الانبار حضور دارند و عملیات تروریستی در کل عراق را پوشش می دهند. بر اساس گزارش ها و آمار منتشر شده، داعش در نیمه دوم سال ۲۰۱۳ نزدیک به ۱۴۰۰ خانه را در عراق منفجر و ویران کرد. طی این حملات ۱۹۹۶ نفر کشته و ۳۰۲۱ نفر زخمی شدند. عناصر داعش در بیستم خرداد 93 در اقدامی بی سابقه به موصل مرکز استان نینوا یورش برده و ظرف چند ساعت این شهر را تصرف کردند.

عناصر داعش در سوریه در مناطقی از استان های رقه، حلب، حومه لاذقیه، حومه دمشق، دیرالزور، حمص، حماه، حسکه و ادلب پراکنده هستند و کنترل برخی از این مناطق نیز به دست آنهاست. تصمیم این گروه تروریستی برای تحت کنترل درآوردن دیگر گروه های مسلح در سوریه به درگیری های خونباری میان این گروه های تروریستی منجر شد.

با آغاز اختلافات و درگیری ها بین عناصر جبهه النصره و داعش در سوریه، سرانجام ایمن الظواهری سرکرده القاعده تصمیم ابوبکر البغدادی رئیس گروه دولت اسلامی در عراق برای ادغام گروه خود با جبهه النصره را لغو کرد.الظواهری تاکید کرد که فعالیت های دولت اسلامی در عراق فقط به عراق منحصر شود. ولی این موضوع برای سرکرده داعش خوشایند نبود، به صورتی که البغدادی در نواری صوتی اعلام کرد با درخواست ایمن الظواهری برای لغو گروه داعش و جدایی از جبهه النصره، مخالف است.